Les formes potser i pot ser tenen significats diferents.

L'adverbi potser denota la possibilitat del que es diu. Equival a tal vegada, probablement. Per exemple:

Potser vindran demà.
Potser ja és massa tard.

En canvi, la construcció pot ser està formada pel verb poder i l'infinitiu del verb ser. Per exemple:

No pot ser que no hagi vingut!
Pot ser que demà plogui.

Cal recordar que l'adverbi potser no admet el subjuntiu. Així, en comptes de Potser vingui, cal dir Potser vindrà o Potser ve. En canvi, si es fa servir el verb poder, sí que pot aparèixer el subjuntiu, precedit sempre de la conjunció que. Per exemple: Pot ser que vingui, Pot ser que sigui massa tard.

En un registre col·loquial, es fa servir la construcció potser que + subjuntiu per expressar un suggeriment. Per exemple:

Potser que afluixis!
Potser que fem un pensament...