Aquests dos termes, esteganografia i criptografia, són sinònims en llengua general segons el diccionari de l'Institut d'Estudis Catalans.

Ara bé, en àmbits molt especialitzats entre l'un i l'altre es pot distingir un matís important.

Així, el terme esteganografia designa el conjunt de tècniques que permeten ocultar un missatge secret en un altre de públic. El missatge secret pot ser llegit amb l'ajuda de claus que són distribuïdes estratègicament entre els que hi tenen accés. A banda de claus, també hi poden haver altres mecanismes d'obtenció del missatge com ara la tinta invisible, determinats colors d'imatges o freqüències de so en cançons. És un mètode d'origen antic que actualment s'utilitza en comunicacions digitals com a resposta a les limitacions que imposen alguns governs a utilitzar mètodes criptogràfics i davant la necessitat de certs usuaris de comunicar-se amb total confidencialitat. 

En canvi, la denominació criptografia designa el conjunt de tècniques d'encriptació de missatges en què, a diferència de l'esteganografia, s'usa una clau i algoritmes per transformar un missatge per tal que tingui una aparença irreconeixible. El missatge original es pot recuperar amb l'aplicació d'una clau.