Aquests dos termes, esteganografia i criptografia, són correctes i en un ús general de la llengua són sinònims.

Ara bé, en àmbits molt especialitzats entre l'un i l'altre es pot distingir un matís important.

Així, el terme esteganografia designa el conjunt de tècniques que permeten ocultar un missatge secret en un altre de públic. És un mètode d'origen antic que actualment s'utilitza en comunicacions digitals com a resposta a les limitacions que imposen alguns governs a utilitzar mètodes criptogràfics i davant la necessitat de certs usuaris de comunicar-se amb total confidencialitat. El missatge secret pot ser llegit amb l'ajuda de claus que són distribuïdes estratègicament entre els que hi tenen accés.

En canvi, la denominació criptografia designa el conjunt de tècniques d'encriptació de missatges en què, a diferència de l'esteganografia, es manipula un missatge per tal que tingui una aparença irreconeixible.