La locució amb relació a significa 'pel que fa a, amb referència a, quant a' i 'envers'. Per exemple: 

Amb relació a aquest afer, et respondré aviat. 
És respectuós amb relació als seus superiors.

La locució en relació amb significa 'en connexió amb, en correspondència amb'. Per exemple: 

L'estil no està en relació amb l'assumpte. 
Posar una persona en relació amb una altra.

Ara bé, quan aquestes locucions adopten el significat 'pel que fa a' es poden considerar sinònimes. Per exemple: 

Amb relació a la vostra carta, em plau fer-vos saber que estudiarem la vostra petició. 
En relació amb la vostra carta, em plau fer-vos saber que estudiarem la vostra petició.

Cal tenir en compte que no és recomanable usar la variant en relació a.